Ačkoliv je hydroponicky pěstovaná rostlina vůči chorobám a škůdcům odolnější, špatné umístění a nesprávná výživa vedou k podpoře výskytu těchto nepříjemných parazitů. Příliš suchý a teplý vzduch umožňuje rozvoj mšic a svilušek, naproti tomu nízká teplota a vysoká vlhkost může vést k tvorbě plísní. Nejčastějšími škůdci jsou mšice, kterým se nejlépe daří v příliš teplém prostředí se suchým vzduchem, červci a štítenky - ti se objevují při suchém vzduchu a nedostatečné výživě, svilušky rovněž vyhledávají suchý vzduch a molice mají navíc rádi dusík.
I v péči o rostliny v hydroponii je možné, že někde uděláte chybu, nejčastěji to bývá chybná zálivka. Ačkoli je zalévání v hydroponii díky měřičům hladiny vody jednoduché, může se stát, že rostlinu zkrátka přelijete nebo na ni zapomenete a necháte uschnout. Příliš mnoho vody v substrátu vede ke žloutnutí listů a uhnívání kořenů, rostlina vypadá zesláblá a na první pohled se Vám může zdát, že není zalitá. Usychání rostliny při nedostatečné zálivce se projevuje hnědnutím špiček listů a kroucením listů. Chybu můžete udělat i při hnojení - rostlina, které chybí živiny, se obvykle ohlásí žloutnutím listů, přičemž žilky zůstávají zelené. Rostlině neprospívá ani nesprávná teplota prostředí či přílišné sluneční záření, které vede k popálení listů.
.................................................................................................................................................................................................................
Citlivé rostliny:
Codiaeum variegatum (kroton)
Hedera helix(břečťan)
Bambusa ventricosa
Kentia (Howea) forsteriana
Beucarnea (Nolina) recurvata (sloní noha)
Polyscias (Aralia) fabian
Dracaena marginata